Фильм является прямым продолжением "Миссия невыполнима: Смертельная расплата. Часть первая". Итан Хант и его команда вновь бросают вызов судьбе, пытаясь предотвратить катастрофу. Их цель — заполучить "Сущность", опаснейшую программу искусственного интеллекта, которая в чужих руках может привести к гибели всего мира. Помимо спасения человечества, Итану Ханту предстоит разобраться с призраками прошлого и поставить точку в давних противостояниях.